新疆作为古代东西方经济文化交流的主要通道和枢纽，自古以来就是一个多种宗教并存的地区。现在新疆主要有伊斯兰教、佛教（包括藏传佛教、汉传佛教）、道教、基督教、天主教、东正教等，萨满教在一些民族中仍然有一定的影响。其中伊斯兰教是新疆信奉人数最多的宗教，共有10个少数民族，即维吾尔族、哈萨克族、回族、柯尔克孜族、塔吉克族、塔塔尔族、乌孜别克族、东乡族、撒拉族和保安族，信教群众占新疆总人口的58.3%。蒙古族、锡伯族、达斡尔族等民族信仰佛教。

新疆充分尊重和保护各种宗教信教群众进行正常宗教活动的权利，宗教界人士享有充分的参政议政权利。目前，在全疆各级人民代表大会、政治协商会议担任职务的新疆宗教界人士1731人，他们代表信教群众积极参政议政，并对政府贯彻宗教信仰自由政策进行监督。

新疆现有宗教活动场所2.4万余座，其中伊斯兰教清真寺2.39万座，宗教教职人员2.90万人。依法保障宗教团体的合法权益，1982年以来，全疆共恢复建立各级宗教团体88个，其中自治区和地、县级伊斯兰教协会79个。

坚持把加强爱国宗教人士的思想和队伍建设作为做好宗教工作的关键，在政治上关心他们，把爱国宗教人士作为肩负着特殊历史使命的非党基层干部来对待，纳入全区干部培训计划；坚持工作上支持他们，团结和依靠爱国宗教人士协助党和政府管理宗教事务，支持爱国宗教人士依法开展工作；坚持生活上照顾他们，在自治区财力十分紧张的情况下拿出资金，对爱国宗教人士给予生活补贴。目前，享受不定期生活补助的有5761人，年均补助2074万多元。建立了自治区、地、县三级培训体系，有计划、分层次地对全区现有伊斯兰教教职人员进行集中培训。从2001年开始，由自治区负责对全区重点清真寺的8000余名教职人员进行培训，每年培训2000人左右，目前已培训了7000多人；其余2.1万名宗教人士，由地县两级负责培训，目前已培训了2.16万人次。这是建国以来我区对宗教人士进行的规模最大、成效最为明显的培训。